Βλέπω το πρόβλημα με τα πακέτα. Το θέμα είναι ότι χρειαζόμαστε πρώτα να προσθέσουμε τα σωστά repositories. Ας το φτιάξουμε βήμα-βήμα:

1. Πρώτα fix τα repositories και εγκατάσταση βασικών πακέτων:

# Πρώτα φεύγουμε από το /mnt/d path
cd ~

# Προσθήκη Node.js repository
curl -fsSL <https://deb.nodesource.com/setup_18.x> | sudo -E bash -

# Ενημέρωση των repositories
sudo apt update

# Εγκατάσταση βασικών build tools
sudo apt install -y build-essential software-properties-common

# Προσθήκη του deadsnakes PPA για Python
sudo add-apt-repository ppa:deadsnakes/ppa
sudo apt update

# Τώρα εγκατάσταση των πακέτων
sudo apt install -y python3.10 python3.10-venv python3-pip sqlite3 nodejs npm git

1. Δημιουργία project structure στο Linux filesystem:

# Δημιουργία project directory
mkdir -p ~/projects/LegalTextAnalysis
cd ~/projects/LegalTextAnalysis

# Project structure
mkdir -p {data,docs,scripts/pipeline,logs,config}

# Python virtual environment
python3.10 -m venv .venv
source .venv/bin/activate

# Εγκατάσταση mcp-server-sqlite στο venv
pip install mcp-server-sqlite

1. Δημιουργία configuration files:

# Claude Desktop config
mkdir -p ~/.config/claude

cat > ~/.config/claude/claude_desktop_config.json << EOL
{
  "mcpServers": {
    "sqlite": {
      "command": "bash",
      "args": [
        "-c",
        "$HOME/projects/LegalTextAnalysis/.venv/bin/mcp-server-sqlite --db-path=$HOME/projects/LegalTextAnalysis/data/legal_text.db"
      ],
      "cwd": "$HOME/projects/LegalTextAnalysis",
      "env": {
        "PYTHONIOENCODING": "utf-8",
        "UV_FORCE_STDIO": "1",
        "DEBUG": "mcp:*,sqlite:*",
        "MCP_SQLITE_EXPOSE_TABLES": "true",
        "MCP_ROOT_DIR": "$HOME/projects/LegalTextAnalysis",
        "MCP_ALLOW_FILE_ACCESS": "true",
        "MCP_FILE_ACCESS": "true",
        "MCP_EXPOSE_RESOURCES": "true"
      }
    }
  }
}
EOL

1. Εγκατάσταση MCP Inspector:

npm install -g @modelcontextprotocol/inspector

1. Επαλήθευση εγκατάστασης:

# Έλεγχος εκδόσεων
python3.10 --version
node --version
npm --version
sqlite3 --version

# Έλεγχος virtual environment
which python
pip list

Προτείνω να ξεκινήσουμε με ένα καθαρό project χωρίς να μεταφέρουμε τον παλιό κώδικα, όπως είπες. Αυτό θα μας επιτρέψει να:

1. Έχουμε ένα καθαρό, native Linux environment
2. Αποφύγουμε πιθανά προβλήματα permissions
3. Ακολουθήσουμε τις βέλτιστες πρακτικές από την αρχή

Θέλεις να προχωρήσουμε με αυτά τα βήματα;